Les techniques expérimentales de capture de conformation des chromosomes permettent aujourd’hui de déterminer la matrice des fréquences d’interaction entre tous les sites du génome ! Ces nouvelles données constituent un challenge méthodologique pour la génomique qui doit maintenant en extraire de manière objective les motifs structuraux caractéristiques de l’organisation du génome. Je présenterai l’application de la méthode rapide de détection multi-échelle de communautés basée sur les ondelettes sur graphes aux réseaux des interactions intra-chromosomiques dans deux lignées cellulaires humaines. Cette étude montre que l’ensemble des communautés de structure forme une hiérarchie d’intervalles du génome, ainsi à toutes les échelles le repliement des chromosomes se fait principalement par des interactions entre sites voisins, plutôt que par la formation de liens entre sites distants. Cette méthodologie étant indépendante de l’assemblage exact du génome de référence, elle est applicable aux cellules cancéreuses dont le génome est souvent fortement réarrangé.
